Ha terminado la fase militar de la Independencia. El 10 de febrero de 1825, ante el Congreso Peruano reunido en Lima, Bolívar renuncia los poderes ilimitados que le habían sido conferidos. Dos días más tarde aquel cuerpo decreta honores y recompensas al Ejército y al Libertador, pero éste no acepta el millón de pesos que se le ofrecían particularmente. Sale luego de la capital para visitar a Arequipa, El Cuzco y las provincias que entonces se llamaban del Alto Perú. Éstas se constituyen en Nación, y lo hacen bajo la égida del héroe: «República Bolívar», se llamó la que hoy conocemos con el nombre de Bolivia. Para el Nuevo Estado Bolívar redacta en 1826 un Proyecto de Constitución en el cual están expresadas sus ideas para la consolidación del orden y la independencia de los países recién emancipados.
Entretanto, una Revolución acaudillada por el General Páez -«La Cosiata»- ha estallado en Venezuela contra el Gobierno de Bogotá, en abril de 1826. Bolívar regresa a Caracas y logra restablecer la paz a comienzos de 1827. Sin embargo, las fuerzas de disociación predominan sobre las tendencias aglutinadoras. Bolívar se distancia más y más, política y personalmente, del Vicepresidente Santander, hasta que sobreviene la ruptura total. El 4 de julio de 1827 Bolívar sale por última vez de Caracas, se embarca en La Guaira, y por la vía de Cartagena llega a Bogotá. Allí, el 10 de septiembre, presta ante el Congreso juramento como Presidente de la República.
La Convención Nacional reunida en Ocaña en 1828 se disuelve sin que los diversos partidos hayan logrado ponerse de acuerdo. Bolívar, aclamado Dictador, escapa en Bogotá, en septiembre de aquel año, a un atentado contra su vida; poco después ha de ponerse en campaña para enfrentarse a las fuerzas del Perú que han penetrado en el Ecuador, en donde permanece durante casi todo el año de 1829. A pesar de estar enfermo y de sentirse cansado, lucha por salvar su obra. A comienzos de 1830 vuelve a Bogotá para instalar el Congreso Constituyente. Venezuela se agita de nuevo y se proclama Estado Independiente. En la Nueva Granada la oposición crece y se fortalece. El Libertador, cada vez más enfermo, renuncia a la Presidencia y emprende viaje hacia la Costa. La noticia del asesinato de Sucre, que recibe en Cartagena, le afecta profundamente. Piensa marchar a Europa, pero la muerte le sorprende en San Pedro Alejandrino, una hacienda situada en las cercanías de Santa Marta, el 17 de diciembre de 1830. Días antes, el 10, había dirigido a sus compatriotas su última proclama, que es su testamento político
Sobresalió entre sus contemporáneos por sus talentos, su inteligencia, su voluntad y abnegación, cualidades que puso íntegramente al servicio de una grande y noble empresa: la de libertar y organizar para la vida civil a muchas naciones que hoy ven en él a un Padre. Sus restos mortales, traídos a Venezuela con gran pompa en 1842, reposan hoy en el Panteón Nacional.
